Python #AFM #Gwyddion

介绍

用AFM逐行扫描的高度数据往往需要处理以获得正确的高度分布。JPK公司提供的原始软件“ JPKSPM数据处理”可以执行一些校准，但是我们无法从pytho程序中使用它，如果您要处理的文件很多，并且需要测试这些文件的不同处理方法，效率就会很低，因此我们还是希望有机会用脚本进行大批量的数据处理。
安装此软件包并不容易，因此我在Windows和Linux系统中都列出了该软件包的安装方法。

安装Gwyddion的步骤

在windows的ubuntu子系统安装

我的笔记本电脑已经安装了ubuntu子系统，首先想到的是在子系统中安装gwyddion，因为gywddion只支持python2.7，子系统安装不会改变我的python3的使用。在Windows子系统“ ubuntu-18.04”中，我直接键入了以下命令以成功安装该软件包

1	sudo apt-get install gwyddion

1	sudo apt-get install python-gobject

1	sudo apt install python-gtk2 libcanberra-gtk-module libcanberra-gtk3-module

另外子系统是没有图形界面的，为了可以使用图形界面，你需要一个支持xserver的软件，我用的是moba xterm,你只要打开即可，然后在子系统命令行输入如下命令

1	export DISPLAY=localhost:0

再在子系统输入gwyddion就会弹出图形界面了。

在Windows上直接使用python模块安装

在Windows上，如果要使用python模块，则需要安装32位版本。您还需要安装此列表中列出的其他额外软件包。
[web]（https://sourceforge.net/projects/gwyddion/files/pygtk-win32/）。
下载所有软件包并安装即可，安装完之后打开gwyddion软件，如果可以在gwyddion的Data process菜单中看到“ python console”，则表明python模块已成功安装。

这样安装只能在gwyddion的python端使用，很不方便，我们希望的是可以在VSCode以及Jupyter里面使用，但是直接在这些地方使用插入gwy包时又会出错

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Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named gwy

这是因为环境变量的关系，可以按照下面的方式来解决

首先将python27里面的DLLs文件夹也加入系统的环境变量
然后有三种方法来使用
1. 你可以从gwyddion的bin目录打开python，这样插入包的时候就可以找到文件了
2. 或者你在任意位置打开Python，然后cd到Gwyddion的bin目录，插入gwy之后再cd回去，这个方法比较蠢，但是可以用
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  import os
  Path_now=os.get\_cwd()
  os.chdir('C:/Program Files (x86)/Gwyddion/bin')
  import gwy
  os.chdir(Path\_now)
3. 或者最简单也是最推荐的，将gwyddion加入到环境变量即可
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  import sys
  sys.path.append('C:/Program Files (x86)/Gwyddion/bin')
  import gwy